エクソン・ジャンクション、制限酵素認識部位などを読み取り
- ソフト名 ：ProbeQuest Assistant
- バージョン ：1.1.0
- ライセンス ：フリーソフト
- OS ：Windows
- 開発 ：(株)ダイナコム
ProbeQuest Assistant詳細
ProbeQuest Assistantは、ProbeQuest(http://probequest.net/)を用いてプローブ・プライマーを設計する際に必要となる入力ファイルを作成するためのツールです。ProbeQuest Assistantにより、以下のことが可能となります。
1) ゲノムのGenBank形式フラットファイルから下記を出力。
・エクソン・ジャンクション部位リスト
・ゲノム配列FASTAファイル」
・(指定した上流/下流配列つきの)遺伝子配列FASTAファイル
2) GenBank/DDBJ/EMBL形式フラットファイルから下記を出力。
・配列FASTAファイル
・(CDS、多型部位などの)特定領域リスト
3) BLASTデータベースファイルをFASTAファイルに変換。
* ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/blastdb.txt参照
4) 制限酵素認識部位を検索。
5) 位置情報つきマルチプルアラインメントを作成。