プローブ・プライマー設計に関する作業を支援する配列解析ユーティリティ
- ソフト名 ：ProbeQuest Utility
- バージョン ：1.0
- ライセンス ：製品:試用可：4,320円
- OS ：Windows
- 開発 ：(株)ダイナコム
ProbeQuest Utility詳細
主な特長を以下に示します。
1) ゲノムのGenBank形式フラットファイルから下記を出力。
・エクソン・ジャンクション部位リスト
・ゲノム配列FASTAファイル」
・(指定した上流/下流配列つきの)遺伝子配列FASTAファイル
2) GenBank/DDBJ/EMBL形式フラットファイルから下記を出力。
・配列FASTAファイル
・(CDS、SNP座位などの)特定領域リスト
3) BLASTデータベースファイルをFASTAファイルに変換。
4) 制限酵素認識部位を検索。
5) 位置情報つきマルチプルアラインメントを作成。
6) CpGアイランド検索。
7) モチーフの頻度分析。
8) (遺伝コード、開始コドンを指定して)ORF予測。
9) Tm値、2次構造などの塩基配列特性およびプライマー間の干渉を検証
(マルチプレックスPCR用データにも対応)。
10) BLAST検索
(閾値として配列一致度を指定し、クエリーと同じIDをもつヒットを除外することも可)。